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John Scott était un agent du FBI et le collègue et amant d'Olivia Dunham.

Il fut tué lors d'une course-poursuite avec l'agent Dunham et on découvrit plus tard que c'était un agent double pour la NSA en infiltration dans une cellule bio-terroriste dirigée par un marchand d'armes appelé Conrad Moreau.

John Scott n'apparait que dans l'épisode pilote en tant que personnage vivant.